Eu também às vezes encontro novas DMs nas minhas mensagens aqui, mesmo que nenhum ponto seja exibido na barra lateral e nenhum número no topo do ícone de chat. No entanto, a linha “última visita” indica claramente que essas mensagens são novas para mim.
Mas ainda não consegui identificar quando isso acontece. A única coisa que sei com certeza é que eu estava sempre desconectado quando isso acontecia.
No meu caso, o usuário cuja mensagem não gerou uma notificação é um administrador, então não acho que o fato de você ter encontrado isso com um novo usuário seja relevante.
Você usa o aplicativo DiscourseHub? Eu me perguntei se isso estaria envolvido. Se você não usa o aplicativo, eu provavelmente poderia descartá-lo.