Sugiero buscar en las discusiones anteriores sobre limitación de velocidad.
No soy un experto en este tema, pero según mi entendimiento, la limitación de velocidad se aplica en dos etapas: primero, nginx realiza la limitación de velocidad (sin conocer los niveles de confianza) y luego la aplicación de Rails realiza otra capa de protección.
Si deseas probar la hipótesis de que encuentras límites de velocidad dentro de la capa de nginx, puedes comentar la siguiente línea en tu app.yml:
- templates/web.ratelimited.template.yml