こんにちは、素晴らしいご質問ですね！
どちらの方法も可能です。重要なのは、両者の間で接続を確立することです。その接続ができれば、コメント機能は正常に動作します。「Discourse へ投稿する」オプション（投稿作成時）の扱いについては、すでにご存知だと思います。リンク機能については、WordPress 投稿を編集する際のサイドバーにある「既存のトピックにリンク」オプションを使用して、任意の Discourse 投稿を WordPress 投稿にリンクさせることができます。
ここで重要なのは、「既存の WP コメントを表示」設定を有効にすると、wp-discourse プラグインが通常の WordPress コメントテンプレートの上に Discourse コメント（リンクされたトピックからの投稿）を挿入し、通常の WordPress の機能をすべて維持するということです。
このため、一つの方法として、WordPress テーマ内の comments.php テンプレートを変更することで対応できます。このアプローチを使えば、WordPress コメントに対してあらゆる操作が可能です。
ただし、コーディングが選択肢に含まれない場合は、WordPress 管理画面で WordPress のコメント作成機能をオフにする（または「閉じる」）ことができます。これは通常通り WordPress で行う方法と同じです。「設定」>「ディスカッション」へ移動し、以下の操作を行います。
- 新しい投稿の場合：「新しい投稿へのコメント送信を許可する」のチェックを外します。
- 古い投稿の場合：「投稿から〇日経過したら自動的にコメントを閉じる」を「0」に設定します。
これにより、新しい Discourse コメントの下に古いコメントを残しつつ、WordPress のコメント作成フォームは表示されなくなります。