¿Puedes compartir los comandos exactos que estás ejecutando y la salida que estás viendo (si lo prefieres, puedes ocultar las direcciones IP o los nombres de host)? /var/www/discourse suena como si estuvieras dentro del contenedor de Docker, y no en tu servidor.
Deberías hacer algo como:
ssh usuario@foro.ejemplo.com
cd /var/discourse
git pull
sudo ./launcher rebuild app