No, no lo hace, al menos no correctamente.
Podría funcionar con plugins solo de API, pero cualquier javascript de nuevos plugins necesita ser compilado, lo cual sucede en el proceso de compilación.
Por lo tanto, para agregar un nuevo plugin, debes realizar una recompilación en la mayoría de los casos.
El otro problema que tienes es que cambiar los scripts de compilación principales puede meterte en serios problemas si no tienes cuidado, especialmente si hay un cambio lo suficientemente significativo en los scripts principales.