Wenn Sie das Let’s Encrypt-Ratenlimit erreicht haben, ist die einfachste Lösung die Verwendung einer anderen Subdomain. Wenn Sie auf der Bare-Domain installiert haben, sollten Sie zuerst www verwenden. Das wird sowieso empfohlen.
Führen Sie discourse-setup aus? Es versucht einen Test, der Sie davon abhalten sollte, ein Zertifikat anzufordern, wenn es nicht ausgestellt werden kann.