Si has alcanzado el límite de Let’s Encrypt, la solución más fácil es usar un subdominio diferente. Si lo instalaste en el dominio base, entonces primero deberías usar www. Es lo que se recomienda de todos modos.
¿Estás ejecutando discourse-setup? Intenta una prueba que debería evitar que solicites un certificado cuando no se pueda emitir.