Se você atingiu o limite de taxa do Let’s Encrypt, a solução mais fácil é usar um subdomínio diferente. Se você instalou no domínio principal, então você deve usar primeiro o www. É o que é recomendado de qualquer forma
Você está executando o discourse-setup? Ele tenta um teste que deve impedir que você solicite um certificado quando ele não puder ser emitido.