Fuera de tema, pero…
¿En serio? Eso es genial. Todos los sistemas deberían usarlo automáticamente, incluido el propio certbot.
Calculo que la razón más común para alcanzar los límites de tasa son los registros DNS incorrectos. Fuera del mundo de Discourse (¿incluyendo Docker en general?) están los hosts virtuales, que no permiten que certbot encuentre la raíz web. Pero esa no puede ser la situación ahora, a menos que se esté utilizando un proxy inverso.