Fora do tópico, mas…
Sério? Isso é ótimo. Todo sistema deveria usá-lo automaticamente, incluindo o próprio certbot.
Eu acho que a razão mais comum para atingir os limites de taxa é um registro DNS ruim. Fora do mundo Discourse (incluindo Docker em geral?) estão os hosts virtuais, que não permitem que o certbot encontre a raiz da web. Mas essa não pode ser a situação agora, a menos que um proxy reverso esteja em uso.