Не по теме, но…
Правда? Это отлично. Каждая система должна использовать это автоматически, включая сам certbot.
Думаю, самая частая причина достижения лимитов — некорректная DNS-запись. Вне мира Discourse (включая Docker в целом?) это виртуальные хосты, которые не позволяют certbot найти корневую директорию веб-сервера. Но сейчас это не может быть проблемой, если только не используется обратный прокси.