Let's Encrypt работает без www, но не с www

Правильно, я уже вижу одну попытку, которая была прервана из-за изменения файла, что нарушило способ, которым они настраивали его изменение в app.yml:

Независимо от того, редактируем ли мы файл напрямую или позволяем app.yml изменить его после, обновление может изменить этот файл и нарушить ваш способ его редактирования в любом случае.