Independentemente de como o Discourse lida com isso, um Message-ID deve ser único. Na minha opinião, quando um servidor de lista envia uma mensagem para uma lista de e-mail, ele cria uma nova instanciação dessa mensagem e, portanto, deve reescrever o message ID.
Além disso, não consigo entender como a mensagem original poderia ser adequada tanto para membros da lista A quanto da B, mas a resposta do membro da lista B não poderia ser revelada aos membros da lista A. Se esses públicos são tão diferentes, por que o usuário envia as mesmas mensagens para ambas as listas ao mesmo tempo?
Talvez exista uma boa solução técnica para isso e talvez o Discourse possa ser alterado para lidar com isso corretamente, mas acho que este é um caso extremo realmente estranho em uma tecnologia de 36 anos.