アップロードや /var/discourse/shared/web_only などをネットワークストレージに置いておくと便利です。シンボリックリンクを使用するのではなく、yml ファイルを編集してネットワークストレージを指すようにする必要があります（シンボリックリンクは、コンテナがシンボリックリンクが指す場所にアクセスできないため機能しません）。
その後、新しい VM に移行する場合でも、コピーするのではなく、そのネットワークストレージを再マウントするだけで済みます。
データベースには、遅いためネットワークストレージはお勧めしません。