Puede ser útil mantener tus subidas, o, por ejemplo, /var/discourse/shared/web_only en almacenamiento de red. Necesitas editar el archivo yml para que apunte a él en lugar de usar un enlace simbólico (el enlace simbólico no funciona porque el contenedor no puede acceder al lugar al que apunta tu enlace simbólico).
Luego, si te mudas a una nueva VM, puedes simplemente volver a montar ese almacenamiento de red en lugar de copiarlo.
No recomiendo el almacenamiento de red para la base de datos, ya que es más lento.