Si tu objetivo es hacer la actualización, lo más fácil es iniciar una nueva VM y migrar a ella. Te saltas la necesidad de actualizar la base de datos y obtienes un nuevo sistema operativo en tu VM, lo cual probablemente necesites hacer de todos modos.
Sigue Mover un sitio de Discourse a otro VPS con rsync y no copies la base de datos (pero sí las cargas y los certificados de Let’s Encrypt.
Si tus copias de seguridad están en s3, es muy sencillo congelar la antigua, hacer una copia de seguridad y restaurarla en la nueva máquina.
Si hetzner tiene algún tipo de IP permanente que se pueda asignar a diferentes servidores, ni siquiera necesitarás cambiar el DNS.
Querrás saber que puedes construir un nuevo servidor para que, si alguna vez tienes que hacerlo por alguna razón, puedas hacerlo. Esta es una oportunidad perfecta para practicar.