その変更をスムーズに行うには、少し冗長で、かつ特定の1つの設定に特しすぎているかもしれませんね。
「過去のデフォルト値を適用」のようなメッセージが、デフォルト値のみに適用されることをより明確に伝える方法について議論するために、Contribute > UX トピックを新たに作成する価値があるかもしれません。
これは有効な Contribute > Feature リクエストだと思います。 
以前のリクエストを軽く検索したところ、こちらを見つけました Send only system emails when disable email setting is on 。ただし、当時それほど好意的な反応は得られなかったようです（この投稿は数年前のものなので、他にもあるかもしれませんが）。個人的には、このようなオプションに価値があると感じています。