Isso pode ser um pouco muito detalhado e específico para essa única configuração, o que dificultaria fazer essa alteração de forma tranquila. 
Vale a pena abrir um tópico em Contribute > UX para discutir como podemos deixar mais claras essas mensagens do estilo “aplicar padrão historicamente”, deixando evidente que elas se aplicam apenas aos valores padrão.
Acho que essa é uma solicitação de recurso válida para Contribute > Feature. 
Fiz uma busca rápida por solicitações anteriores e encontrei esta: Send only system emails when disable email setting is on, embora eu tenha receio de que ela tenha recebido uma recepção bastante morna na época (pode haver outras, já que essa é de alguns anos atrás). Pessoalmente, vejo mérito nessa opção.