問題が見つかったと思います。私は以下のようにしていました:
after_ssl:
- replace:
filename: "/etc/runit/1.d/letsencrypt"
from: /--keylength/
to: "-d example.com -d www.example.com --keylength"
しかし、本来こうあるべきでした:
after_ssl:
- replace:
filename: "/etc/runit/1.d/letsencrypt"
from: /--keylength/
to: "-d example.com --keylength"
最後の行に注目してください。私は example.com と www.example.com の両方を指定してしまっていました。
また、return 301 https://$host$request_uri; を return 301 $scheme://$host$request_uri; に変更し、再ビルドを行ったところ、どうやら正常に動作しているようです。
ただ、@Stephen さんが指摘されていたように、Let’s Encrypt の設定変更時に問題が発生する可能性が気になります。