@gerhard 優しいフォローありがとうございます。git clone から完全にやり直し、/src/Gemfile の末尾に gem 'sqlite3' を追加しました（あなたが指していたのはこれだと推測したため）。これで動作しました！参考までに、私が使用した手順（mne_analysis リストサービス用）を以下に記します：
1. Ubuntu ホスト上で
git clone https://github.com/discourse/discourse.git
cd discourse
d/boot_dev --init
d/rails db:migrate RAILS_ENV=development
d/shell
vim /src/Gemfile # 末尾に gem 'sqlite3' を追加
exit
d/bundle
2. Docker シェル内で
sudo mkdir -p /shared/import/data
sudo chown -R discourse:discourse /shared/import
wget -r -l1 --no-parent --no-directories "https://mail.nmr.mgh.harvard.edu/pipermail//mne_analysis/" -P /shared/import/data/mne_analysis -A "*-*.txt.gz"
rm /shared/import/data/mne_analysis/robots.txt.tmp
gzip -d /shared/import/data/mne_analysis/*.txt.gz
wget https://gist.githubusercontent.com/larsoner/940cd6c7100b87c4c5668cb0bc540afb/raw/9e78513620d11355ad0e10f4a2470996c26ebc8c/mailmanToMBox.py -O ~/mailmanToMBox.py
python3 ~/mailmanToMBox.py /shared/import/data/mne_analysis/
rm /shared/import/data/mne_analysis/*.txt
sudo apt install -y libsqlite3-dev # 私の場合は何もしませんでした（no-op）
# 結果を確認
cat /shared/import/data/mne_analysis/*.mbox > ~/all.mbox
sudo apt install -y procmail
mkdir -p ~/split
export FILENO=0000
formail -ds sh -c 'cat > ~/split/msg.$FILENO' < ~/all.mbox
rm -rf ~/split ~/all.mbox
# 設定
wget https://raw.githubusercontent.com/discourse/discourse/master/script/import_scripts/mbox/settings.yml -O /shared/import/settings.yml
# 実行
cd /src
bundle exec ruby script/import_scripts/mbox.rb /shared/import/settings.yml
これにより多くの情報出力があり、最後は以下のようになりました：
...
Updating featured topics in categories
5 / 5 (100.0%) [6890 items/min] ]
Resetting topic counters
Done (00h 06min 21sec)
その後終了し、Ubuntu ホスト上で：
d/unicorn &
google-chrome http://0.0.0.0:9292
完了です！
設定を調整して [Mne_analysis] のプレフィックスを削除するかもしれませんが、これほど早く動作していることに大喜びです！