Es ist möglich, dass es irgendwo zu einer Kodierungsinkonsistenz kommt… Es gibt einen Grund, warum jemand von der MySQL-Kodierungshölle gesprochen hat.
Vor langer Zeit habe ich ein Skript zur Reparatur von Datenbanken erstellt, die UTF-8-Daten in Tabellen mit latin1-Kodierung enthalten. Vielleicht hilft das? Andernfalls musst du das selbst herausfinden.