É possível que haja uma incompatibilidade de codificação em algum lugar… há uma razão pela qual alguém chamou isso de inferno da codificação do MySQL.
Há muito tempo, criei um script para corrigir bancos de dados que contêm dados UTF-8 em tabelas com codificação latin1. Talvez isso ajude? Caso contrário, você precisará resolver isso sozinho.