Eu pensei que, se o construtor reclamasse sobre a falta de /etc/service/unicorn/run e exatamente isso fosse removido, eu tentei comentar esse comando de remoção. 
Funcionou.
Talvez alguém com mais conhecimento sobre tudo queira verificar e fazer uma atualização no Github no script. Eu também posso fazer um PR - mas sem nenhum conhecimento sobre tudo, eu não quero.
Mas mudar de Ubuntu para Debian muda muito, é verdade.