Se não houver uma solução óbvia para que ele seja carregado com sucesso, qualquer uma das opções 1 ou 3 parece ser uma boa maneira de prosseguir. A opção 2 eu provavelmente deixaria para o Discourse, especificamente a tarefa de limpar uploads órfãos, cujo intervalo é controlado pela configuração clean orphan uploads grace period hours.
Pode ser uma boa ideia pegar o arquivo antes que ele seja excluído, no entanto. Se ele não contiver dados sensíveis, pode ser útil para testar por que ele não pode ser carregado durante a migração.