Обычно я после импорта отключаю всех пользователей и предлагаю им сбросить пароль для повторной активации аккаунта. Если вы не хотите делать так, то можно попробовать, например, отключать только тех пользователей, которые посещали сайт в последние X месяцев. Или отключать всех, кто не заходил на новый сайт.
См. также Configure VERP to handle bouncing e-mails.