A documentação e sua experiência sugerem que o R2 não é suportado, então você precisará resolver o problema de outra forma.
Eu pensei que estava funcionando para mim, mas não testei com muito cuidado e não o usei além de um teste trivial de fumaça.
Se o backup não conseguir baixar os arquivos do R2, você precisará usar alguma outra ferramenta para recuperar os arquivos do R2 e, em seguida, enviá-los para seu novo bucket e, em seguida, atualizar o banco de dados manualmente (você pode pesquisar tópicos usando a tarefa rake remap, eu acho).
Este é um processo complexo, então você precisará entender bastante sobre R2, S3 e Uploads do Discourse. Provavelmente será difícil explicar seus problemas exatos com especificidade suficiente para que você possa obter uma solução em um fórum.