Si no estaba ya en tu plan, te recomendaría moverte a una nueva base de datos (en el mismo servidor) para la migración, así no romperás tu sitio existente.
No puedo decir exactamente qué crees que está haciendo Bitnami, pero lo que quieres en tu ENV es DISCOURSE_S3_BACKUP_BUCKET. Consulta Configurar un proveedor de almacenamiento de objetos compatible con S3 para cargas para ver cómo configurar correctamente esas variables S3 en tu app.yml.
Si por “mejor” te refieres a “¿significará esto que no romperé nuestro sitio existente y lo dejaré en un estado en el que nunca volverá a funcionar?”, la respuesta es sí. 
Configúralos en el YML.
Sí, actualizará la base de datos. Te recomiendo que Restaure una copia de seguridad desde la línea de comandos.
Eso es lo que quieres. El lugar desde el que restauras debe ser igual o más reciente que la versión de la copia de seguridad. Migrará la base de datos después de restaurarla.
Esto podría ser todo lo que necesitas saber y estaremos encantados de ayudarte aquí de forma gratuita. Si deseas atención práctica y específica para tu configuración, puedes contactarme o pedir ayuda en Marketplace.
Además, otra opción sería crear imágenes y lanzarlas en k8s. Lo he hecho un par de veces y he usado GitHub para crear las imágenes.