Se non fosse già il tuo piano, passerei a un nuovo database (sullo stesso server) per la migrazione in modo da non interrompere il tuo sito esistente.
Non riesco a capire bene cosa pensi che Bitnami stia facendo, ma la cosa che vuoi nel tuo ENV è DISCOURSE_S3_BACKUP_BUCKET. Vedi Configura un provider di object storage compatibile con S3 per i caricamenti per sapere come impostare correttamente quelle variabili S3 nel tuo app.yml.
Se per “meglio” intendi “questo farà sì che io non interrompa il nostro sito esistente e lo lasci in uno stato in cui non funzionerà mai più?”, la risposta è sì. 
Impostale nello YML
Sì, aggiornerà il database. Ti consiglio di Ripristinare un backup dalla riga di comando
È quello che vuoi. Il luogo da cui ripristini deve essere uguale o più recente della versione di backup. Migrerà il database dopo il ripristino.
Questo potrebbe essere tutto ciò che devi sapere e siamo felici di aiutarti qui gratuitamente. Se desideri un’attenzione pratica specifica per la tua configurazione, puoi contattarmi o chiedere aiuto in Marketplace.
Inoltre, un’altra opzione sarebbe quella di creare immagini e avviarle in k8s. L’ho fatto alcune volte e ho utilizzato github per creare le immagini.