Se ainda não era seu plano, eu moveria para um novo banco de dados (no mesmo servidor) para a migração, para que você não quebre seu site existente.
Não consigo entender exatamente o que você acha que o Bitnami está fazendo, mas o que você quer em seu ENV é DISCOURSE_S3_BACKUP_BUCKET. Veja Configure um provedor de armazenamento de objetos compatível com S3 para uploads para saber como definir corretamente essas variáveis S3 em seu app.yml.
Se por “melhor” você quer dizer “isso significará que não quebrarei nosso site existente e o deixarei em um estado em que nunca mais funcionará?”, a resposta é sim. 
Defina-os no YML
Sim, ele atualizará o banco de dados. Eu recomendo que você Restaure um backup da linha de comando
É isso que você quer. O local de onde você restaura deve ser igual ou mais recente que a versão do backup. Ele migrará o banco de dados após a restauração.
Isso pode ser tudo que você precisa saber e ficaremos felizes em ajudar aqui gratuitamente. Se você quiser atenção prática e específica para sua configuração, pode entrar em contato comigo ou pedir ajuda em Marketplace.
Além disso, outra opção seria construir imagens e lançá-las em k8s. Eu fiz isso algumas vezes e usei o github para construir as imagens.