Sim, você pode fazer um fork do repositório do GitHub e personalizá-lo dessa maneira, ou, se preferir personalizar usando a interface de administração do Discourse, pode criar um componente de tema local adicional (por exemplo, você teria a versão remota dos links de cabeçalho personalizados instalada a partir do GitHub e, em seguida, pode criar um componente local chamado “edições de links de cabeçalho personalizados” e adicioná-lo também).
Se você estiver disposto a aprender um pouco sobre git, fazer um fork é provavelmente a melhor opção, pois você obtém todos os benefícios do controle de versão e tem acesso a todos os recursos do GitHub para mesclar suas alterações com as atualizações do repositório original.