Eu não acho que /etc/sysctl.d tenha sido descontinuado. Você pode verificar os outros arquivos listados lá e ver qual(is) está(ão) substituindo /etc/sysctl.d/10-huge-pages.conf? Talvez um daqueles arquivos 50-priority?
A melhor solução provavelmente será mudar a prioridade da configuração de páginas grandes para prevalecer. Mas eu não estou executando nenhuma dessas versões nos meus sistemas agora.
Verifique também se o tuned está substituindo a configuração.