var(--secondary) のようなコアカラーの変更

以下に例を示します。

これらの変数は設定できないようです。以下は、カラー設定からのコピー&ペーストです。

"HT Colors": {
  "primary": "142546",
  "secondary": "FEF9F0",
  "tertiary": "4A7FE5",
  "quaternary": "FBC379",
  "header_background": "ffffff",
  "header_primary": "142546",
  "highlight": "ffff4d",
  "danger": "e45735",
  "success": "009900",
  "love": "fa6c8d",
  "hover": "ebf0f9",
  "selected": "dee6f6"
}

バッジなどで使用されるカラー変数を設定するには、別の方法があるはずです。