Я бы настроил тестовый сервер, чтобы решить вашу конкретную проблему.
Судя по этим ошибкам, база данных повреждена. Вам нужно остановить базу данных, чтобы получить корректный набор данных для её работы. Вторая команда rsync не является опциональной.