これは実際の助けというよりはごまかしに近いですが、いくつかアイデアを挙げます。
まず、どのインデックスが壊れているかがわかったので、データベース内のすべてのインデックスではなく、そのインデックスだけを再インデックスすることができます。その方法については、https://ask.discourse.com/ でヒントを求めることができます。
Corrupt indexes in PG12, how do I fix? - #11 by sam にもヒントがあります。
このリンク追跡にはあまり関心がない（そして、どうせ新しいものが作成されていると推測される）ので、重複を削除するだけで十分です。
重複を見つけて一度にすべて削除できるようなクエリを実行する方法があるはずです。