Isso é mais uma desculpa do que ajuda real, mas aqui estão algumas ideias.
Primeiro, agora que você sabe qual índice está quebrado, pode reindexar apenas esse e não todos os índices no banco de dados. Você pode perguntar em https://ask.discourse.com/ por uma dica de como fazer isso.
Corrupt indexes in PG12, how do I fix? - #11 by sam também tem algumas dicas.
Como você não se importa muito com esse rastreamento de links (e imagino que um novo já tenha sido criado), simplesmente excluir os duplicados está bom.
Deveria haver uma maneira de fazer uma consulta que encontre os duplicados para que você possa excluí-los todos de uma vez.