Это больше похоже на общие рассуждения, чем на реальную помощь, но вот несколько идей.
Во-первых, теперь, когда вы знаете, какой именно индекс повреждён, можно перестроить только его, а не все индексы в базе данных. Вы можете обратиться за подсказкой на https://ask.discourse.com/ о том, как это сделать.
Также некоторые подсказки есть здесь: Corrupt indexes in PG12, how do I fix? - #11 by sam.
Поскольку вам не так важно отслеживание ссылок (и, вероятно, новая ссылка уже создана), просто удаление дубликатов будет вполне приемлемым решением.
Должен существовать способ выполнить запрос, который найдёт все дубликаты, чтобы вы могли удалить их все сразу.