Ja. In den meisten Fällen gibt es keine Migrationen, die den laufenden Container unterbrechen.
Du kannst es auch so einrichten, dass Migrationen in der web_only.yml deaktiviert sind. Sobald der neue Container läuft, kannst du dann im laufenden Container etwas wie folgt ausführen:
cd /var/www/discourse;SKIP_POST_DEPLOYMENT_MIGRATIONS=0 rake db:migrate