はい、問題ありません。通常、実行中のコンテナを破壊するマイグレーションは存在しません。
web_only.yml でマイグレーションを無効化し、新しいコンテナが起動した後、次のように実行することもできます。
cd /var/www/discourse;SKIP_POST_DEPLOYMENT_MIGRATIONS=0 rake db:migrate
実行中のコンテナ内で上記コマンドを実行してください。
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