ジェイさん、ありがとうございます！以前、OPの指示に従おうとした際に、URL/DNS/LetsEncryptの件で少し行き詰まってしまった理由がわかりました。
最終的には、新しいサイトにサブドメインを使用し、新しいサーバーで復元したサイトが動作していることを確認してから、DNS/URLを素早く切り替えることで対応しました。しかし、それはかなり不安定で面倒な作業でした（特にその後のリマップのいたちごっこは！）。
なぜそのような作業が必要だったのか、今なら理解できます。そして、rsync が一部の痛みを回避できると知ってよかったです。
ここにはっきりとした指示があれば、他の人たちも助かると思います。現時点では少し混乱しており、将来的に最善の方法がわかりません。あなたの免責事項を、OP全体に書き直して（おそらく@SaraDevさんによって？）組み込むことはできないでしょうか。