Infelizmente, você não pode definir os padrões no nível do site (ou mesmo no nível do Canal) - apenas no nível do usuário.
Não acho que nada tenha mudado desde isto:
Isso é configurável, embora não seja fácil.
Para chats pessoais, o padrão é ser notificado automaticamente para cada mensagem. Isso pode ser reduzido para cada thread de chat pelo usuário.
Para canais, o padrão é como você descreve. Os usuários podem mudar isso para cada mensagem, se desejarem.
Da última vez que verifiquei, a única maneira de mudar o comportamento padrão era mergulhar no console do Rails. Colocar isso na interface do usuário poderia ser uma solicitação de recurso válida.
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De notar, você pode contornar isso usando a menção @all (notifica todos no Canal).
Eu encorajaria alguém a fazer um pedido formal em Feature descrevendo o que você precisa que ele faça.