Möglicherweise ein Fehler im Zusammenhang mit Besitzrechten oder Berechtigungen? Ich bevorzuge cp -a (als root), obwohl selbst das nicht unbedingt eine perfekte Kopie ergibt – dafür solltest du tar oder cpio verwenden.
Möglicherweise gibt es ein Problem mit Verknüpfungen. In diesem Fall wäre eine Mount- oder Loopback-Mount-Lösung besser.
Idealerweise gibt es jedoch irgendwo ein Log, das uns mitteilt, was nicht gestartet wurde oder was es nicht akzeptiert hat.