La configuración reside en la base de datos.
Técnicamente, también querrás hacer una copia de seguridad de la carpeta de subidas (uploads) y la definición del sitio app.yml. Sin embargo, eso generalmente se maneja teniendo el app.yml en control de versiones y las subidas en un servicio de almacenamiento de objetos.
No es necesario ponerlo en modo de solo lectura.