つまり：
- マルチサイトは、RAM の効率性というコスト面で最適化されています。
- マルチコンテナは、異なるプラグインセットを構成でき、サイトを個別に再起動およびアップグレードできるという柔軟性を最適化しています。
個別の VPS を使用すると、マルチコンテナよりも柔軟性は高まるかもしれませんが、マルチサイトよりも RAM の使用量が増える可能性があります。
しかし、大きなサーバーを一つ用意できる場合、マルチコンテナの方が有利かもしれません。
大規模な実装において非常に最適化されたアプローチとしては、k8s（Kubernetes）や、ある種の超規模コンテナ技術が関与する可能性があります。
一方、コストが最優先で、サイトが非常に均質であり、プラグインの選択も同一である中規模の場合は、マルチサイトが最適な選択肢と言えるでしょう。