Мультисайт против нескольких контейнеров

Если все сайты могут использовать одни и те же плагины и конфигурацию SMTP, то вам подходит мультисайт.

Если же что-то отличается, то для каждого сайта потребуется отдельный контейнер. Примечание: я бы использовал один контейнер базы данных для всех отдельных веб-контейнеров сайтов.