En realidad, he encontrado una forma de que Let’s Encrypt obtenga certificados para múltiples dominios sin redirigir al dominio principal. Setup Multisite Configuration with Let's Encrypt and no Reverse Proxy
@AstonJ, ¿te interesaría probar mi guía paso a paso? Estoy casi seguro de que funciona, pero la última vez que la probé fue hace algunas semanas y no tengo la certeza absoluta de que las instrucciones “funcionen” para alguien que no sea yo.
Si deseas que todos los sitios tengan los mismos complementos y se actualicen todos al mismo tiempo, la configuración multisitio es excelente.