На самом деле я нашёл способ, как получить сертификаты Let’s Encrypt для нескольких доменов без перенаправления на основной домен. Setup Multisite Configuration with Let's Encrypt and no Reverse Proxy
@AstonJ, вам интересно протестировать мою инструкцию? Я на 90% уверен, что она работает, но последний раз проверял её несколько недель назад, и не до конца уверен, что инструкции будут понятны и применимы для кого-то другого, кроме меня.
Если вы хотите, чтобы все сайты использовали одни и те же плагины и обновлялись одновременно, то мультисайт — отличный вариант.