t/63172/79を作成している際に、以下の点に気づきました。
[^2]
[^2]: [^4]
[^4]: placeholder
…は以下を生成します。

一方、以下は:
[^2]
[^2]: [^4]
[^4]: placeholder
以下を生成します。

GitHubとGitLab Flavoured Markdownはこの形式をサポートしています。脚注内に表示可能なコンテンツをネストできることは重要です。これはホバー時に表示されるモードにのみ影響するようです。