Вы можете добавить второй поддомен и запросить сертификат для обоих, что будет считаться новым запросом. Гораздо проще просто подождать, но такой вариант существует. 
Думаю, эта тема описывает, как это сделать.
Настройка Let’s Encrypt с несколькими доменами / редиректами