Se você não tem o s3 configurado para backups e seus backups são maiores do que o nginx front-end pode aceitar, acho que é melhor fazer backup e restaurar nas CLIs do servidor ubuntu antigo e novo.
tem todas as etapas que você precisa, meu scp tem sido aws-cli, alguém recomenda outro pacote que funcione com um provedor de nuvem diferente no ubuntu?