He revisado la lógica y los usuarios se eliminarán después de clean_up_inactive_users_after_days días si:
- Nunca han publicado nada
- Son TL0
- No son personal
Por lo tanto, para responder a tu pregunta, sí, los usuarios desactivados manualmente se eliminarán, pero no si han publicado algo o han alcanzado algún nivel de confianza.